eccDNA测序研究利器-Circle-seq
一、关于eccDNA
eccDNA简介
eccDNA（extrachromosomal circular DNA）全名是染色体外环状DNA，指在真核生物中发现的，染色体外的、非线粒体、非叶绿体环状结构DNA。其被发现于1964年，早于广泛熟知的线粒体DNA和细菌质粒DNA。但当时并没有引起科学界重视，认为它只是染色体外无意义的垃圾碎片。近年来研究表明，eccDNA往往在肿瘤和衰老过程中富集，以特殊的方式参与肿瘤和衰老的发生 发展进程。
2021张毅教授在Nature杂志发表研究，得出eccDNA随机来源于染色体基因组DNA，eccDNA没有明显的位置或序列的特异性，eccDNA是Lig3介导的凋亡DNA片段的环化产物，eccDNA具有超强的刺激先天免疫反应的能力。
eccDNA特征
microDNA主要指400 bp以内的环状DNA，ecDNA (extrachromosomal DNA)被用以描述尺寸数百kb以上的染色体外DNA，而eccDNA正被用来指比ecDNA小的所有染色体外环状DNA。eccDNA大部分小于25kb, 主要分布在0.1-5kb之间。
2019年Nature与Cell文章对eccDNA的结构探索，发现eccDNA不仅携带了完整的基因，还携带了基因上游的启动子和增强子元件。
eccDNA可以携带完整的基因，尤其是肿瘤中经常携带致癌的驱动基因，不受控制的表达这些基因，导致肿瘤的恶性增长。
二、关于Circle-seq
Circle-Seq又称为环状DNA测序，是eccDNA检测利器, 是基于质粒提取、酶切消化和高通量测序技术，将裂解细胞通过柱纯化、去除线性DNA、滚环式扩增三大步骤进行eccDNA的富集，结合高通量测序获取eccDNA的序列信息的技术。
Circle-Seq可以高通量地对各种物种样本当中检测样品中的所有eccDNA,具有检出率高﹑准确性好等优点。样品类型涵盖：组织﹑细胞﹑血清﹑血浆﹑尿液等，物种涵盖：人﹑小鼠﹑大鼠﹑拟南芥﹑果蝇﹑酵母﹑非洲爪蟾等
三、Circle-seq合作流程
合作流程
文库构建
图博基因Circle-seq测序，采用包括柱纯化等多种方式去除基因组DNA，利用酶消化去除线粒体DNA和线性DNA， 运用滚环扩增放大信号，达到高效率的富集和纯化环状DNA效果。最后利用NGS测序和生信分析识别eccDNA。
数据分析
Circle-seq数据分析主要是利用fastqc软件对原始数据进行质量评估，使用BWA软件将原始数据比对到参考基因组，使用Circle-Map对样品中DNA进行鉴定，samtools处理sam文件，使用bedtools软件对鉴定的eccDNA和差异eccDNA进行基因注释，并利用注释的差异基因进行GO功能分析和KEGG通路分析。
四、eccDNA测序样本要求
细胞、组织、基因组DNA样本要求
1. 样品量要求：
细胞：新鲜细胞数目大于2×10^7/份；
组织：新鲜组织，质量大于150mg
基因组DNA：>=10 µg，溶于无菌水或 TE（PH = 8）
2. 样品保存要求： DNA样品短期内可-20℃保存；细胞样品、组织样品液氮冻存后-80℃保存。
3. 样品运输要求：细胞、组织样品干冰运输；DNA可用冰袋运输。
血清、血浆、尿液、脑脊液样本要求
1. 样品量要求：
血清、血浆：5-10mL
尿液：5-10mL脑脊液: 5-10mL
2. 样品保存要求： 血浆需使用EDTA抗凝管，-80℃保存。
3. 样品运输要求：样品干冰运输。
五、图博基因eccDNA服务能力
1. eccDNA测序服务：图博基因是国内掌握eccDNA测序技术的重要服务商之一，已为众多国内著名高校、医院等科研院所提供eccDNA测序服务，积累了超过上千例的测序分析经验。物种类型不仅包括人类、小鼠、果蝇、鱼类等动物，还包括狗牙根、拟南芥等植物。
2. eccDNA合成服务： 图博基因提供eccDNA合成技术，能快速高效的合成所需大小的eccDNA，用于下游的细胞功能验证。
3. eccDNA数据库建设：图博基因提供“eccDNA数据库”、“临床信息数据库”和“网络服务器web-server”等的构建与后续维护。为您的科研创新助力。
六、图博基因eccDNA服务能力服务优势
1. 专业全方位服务：图博基因是国内能提供eccDNA合成、eccDNA测序技术的重要服务商之一。您只需提供组织、血清、血浆、尿液或基因组DNA，图博为你提供eccDNA富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。 2. 经验丰富：图博交付技术人员均拥有多年的eccDNA研究和交付经验，已为众多国内著名高校、医院等科研院所提供eccDNA测序服务，积累了超过上千例的测序分析经验。拥有众多高分eccDNA论文。
3. 专业的实验人员和分析团队：保障高效地富集eccDNA和高eccDNA检出率；同时开发高效识别分析eccDNA的算法，提供各类深入数据分析的服务。
5. 严格的质量控制：图博对流程层层监督，严格控制每一实验环节，为您交付最准确的结果。
4. 支持多物种：图博目前服务的物种类型不仅包括人类组织与体液样本，也包括小鼠、果蝇、鱼类等动物样本，还包括狗牙根、拟南芥等植物。
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