1. STING-seq技术介绍


人类基因组中约98%的区域不编码蛋白质，这些区域长期被称为"暗物质"或"垃圾DNA"。然而，全基因组关联研究（GWAS）表明，大多数与疾病相关的遗传变异恰恰位于这些非编码区域。理解这些变异如何影响健康和疾病一直是遗传学研究的重大挑战。2023年5月，纽约大学和纽约基因组中心的研究人员在《Science》杂志上发表了一项突破性研究，介绍了一种名为STING-seq（Single-cell Trimodal Inference of Genes and Genetic variants）的创新技术，为解决这一挑战提供了新的研究工具。通过CRISPRi精准抑制非编码风险位点或利用单碱基编辑器CBE/ABE产生GWAS突变，结合单细胞转录组测序，直接鉴定疾病相关变异调控的靶基因，建立“变异-调控元件-靶基因”的因果链条，突破传统GWAS研究的机制解读瓶颈。


2. 图博基因STING-seq技术服务内容


我们提供全流程闭环服务，涵盖：
✅ 靶点设计：基于客户GWAS/eQTL数据定制sgRNA文库
✅ CRISPRi/BE4-SpRY文库构建：高覆盖度sgRNA库（支持>1000位点并行筛选）
✅ 体外/体内扰动实验：dCas9-KRAB系统稳定细胞系构建与诱导抑制
✅ 单细胞多组学捕获：10x Genomics平台联合检测sgRNA + 全转录组
✅ 生信深度分析：靶基因鉴定、通路富集、调控网络建模


3. STING-seq标准化实验流程（表格）


阶段关键步骤
Step 1 方案设计GWAS位点筛选 → sgRNA设计 → 实验方案优化
Step 2 文库构建sgRNA oligo库合成 → lentiCRISPRi/lentiBE4-SpRY病毒包装
Step 3 细胞扰动细胞转导 → 抗生素筛选 → 扰动诱导（72h+）
Step 4 单细胞测序细胞捕获 → 文库构建 → Illumina双端测序
Step 5 数据分析细胞分群 → 扰动效应分析 → 靶基因关联 → 可视化报告


4. STING-seq核心应用场景

疾病机制研究：解析阿尔茨海默病、糖尿病、肿瘤等复杂疾病的非编码变异功能

药物靶点挖掘：鉴定受风险位点调控的关键致病基因作为新靶点

基因调控图谱绘制：构建增强子-启动子互作网络

多组学数据验证：整合Hi-C/ATAC-seq预测结果进行功能确认


5. 我们的技术优势


精准高效：sgRNA靶向效率 >85%（基于FACS验证）
超高通量：单轮实验可平行检测500+ GWAS位点
双维度质控：分子标签（sgRNA barcode）+ 细胞活性（线粒体基因）双重过滤
深度分析：提供Cicero调控网络、NicheNet配体-受体互作等高级分析模块
灵活定制：支持原代细胞、类器官、小鼠体内模型等复杂体系


6. 标准项目周期


环节时长实验设计 & 文库制备：4-6周
细胞培养 & 基因扰动：3-4周
单细胞建库 & 测序：2-3周
数据分析 & 报告：3-4周
总周期：12-16周（可提供加急通道） 


7. 交付成果


原始数据：FASTQ文件 + Cell Ranger矩阵

分析结果：

单细胞聚类t-SNE/UMAP图（标注扰动组）

靶基因关联热图（如MYC基因在rs6983267抑制后表达下调）

差异表达基因列表（adj.p<0.05, |logFC|>0.25）

调控网络可视化（Cytoscape格式）

结题报告：

方法学细节 + QC指标（细胞捕获数>10,000，中位基因数>2,500）

可发表级图表（PDF/PPT格式）


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