图博基因提供技术支持的文章发表在Clinical and Translational Medicine
2023年11月，由图博基因提供技术支持的文章《Identification and functional analysis of circulating extrachromosomal circular DNA in schizophrenia implicate its negative effect on the disorder》发表在《Clinical and Translational Medicine》期刊。 该研究探讨了染色体外环状DNA（eccDNA）在精神分裂症中的特征及其潜在功能。研究团队使用Circle-seq技术对10名慢性精神分裂症患者和17名健康对照者的血浆样本中的eccDNA进行了特征分析，发现了与精神分裂症相关的eccDNA，并通过生物信息学和实验方法研究了这些eccDNA的分子角色。研究结果揭示了eccDNA在精神分裂症中的负面作用，为进一步理解该疾病的机制提供了新的视角。
这项研究主要发现了与精神分裂症（SCZ）相关的染色体外环状DNA（eccDNA）的特征及其潜在功能。研究人员通过分析10名慢性SCZ患者和17名健康对照的血浆样本，发现SCZ患者中存在211个差异表达的eccDNA编码基因（eccGene）。这些eccGene在慢性SCZ患者中的存在频率显著高于健康对照组。研究特别关注了TAOK2基因，发现其携带的eccDNA片段能够下调TAOK2 mRNA的表达，提示其可能通过生成siRNA样分子抑制宿主基因表达。此外，RNA-seq分析显示，人工合成的TAOK2 eccDNA能够在神经细胞中调节免疫相关生物过程，暗示eccDNA在SCZ大脑中的负面影响。
方法和技术：
（1）Circle-seq方法：用于环状DNA（eccDNA）的提取和测序，以分析来自10名慢性精神分裂症（SCZ）患者和17名健康对照者的血浆样本。
（2）生物信息学分析：对测序数据进行处理和分析，包括eccDNA的鉴定和特征分析。
（3）PCR和Sanger测序：验证环状DNA连接区域，确保数据的准确性。
（4）LAMA策略：用于合成人工环状DNA（eccTAOK2），并进行酶切实验确认其环状结构和纯度。
（5）RNA-seq分析：在细胞转染人工环状DNA后，进行RNA测序以研究基因表达变化。
（6）定量PCR（qPCR）：检测转染后TAOK2 mRNA的表达水平。
（7）双荧光素酶报告基因实验：评估人工环状DNA对基因表达的调控作用。 这些方法和技术综合应用，以探索精神分裂症相关环状DNA的特征及其在神经细胞中的潜在功能和影响。
研究结论
该研究表明，SCZ患者中富集的eccDNA可能会引发神经细胞中的免疫相关生物过程失调，显示出eccDNA对SCZ大脑的潜在负面影响。总体来说，本研究描绘了SCZ患者的染色体外环状DNA谱系，强调了eccDNA在SCZ中的调控功能及其作为诊断和监测SCZ的无创性生物标志物的潜力。
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